Setelah terbentuknya Provinsi Maluku Utara pada 12 Oktober 1999 sesuai dengan Undang-Undang Nomor 46 Tahun 1999 yang kemudian diikuti dengan pembentukan struktur pemerintahan. Awal pembentukan, provinsi baru ini dilanda konflik horizontal yang memporak-porandakan struktur kehidupan masyarakat. Saat itulah BAPPEDA Provinsi Maluku Utara dibentuk.

1999–2003

BAPPEDA Provinsi Maluku Utara dipimpin oleh Drs. Kahar Taslim sebagai Kepala BAPPEDA pertama, didampingi Ir. Hartoyo Kaliman sebagai Wakil Kepala BAPPEDA.

Pada periode ini dibentuk empat bidang, yaitu:

• Bidang Perencanaan Pembangunan Sosial Budaya
• Bidang Perencanaan Pembangunan Ekonomi
• Bidang Perencanaan Pembangunan Fisik Prasarana
• Bidang Statistik dan Pelaporan (kemudian menjadi Bidang Perencanaan Pembangunan Lintas Kabupaten dan Kota)

Saat itu Provinsi Maluku Utara terdiri dari tiga kabupaten, yaitu Kabupaten Maluku Utara, Halmahera Tengah, dan Kota Ternate. Prioritas pembangunan masih diarahkan pada tugas-tugas darurat sipil, penanganan pascakonflik, serta persiapan pembangunan Ibu Kota Sofifi.

Aktivitas BAPPEDA dilaksanakan di Kantor Gubernur Maluku Utara, Jalan Pahlawan Revolusi Nomor 1 Ternate, yang saat ini menjadi Kantor Wali Kota Ternate.

Pada Mei 2003 terbit Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2003 tentang pembentukan Kabupaten Halmahera Utara, Halmahera Selatan, Kepulauan Sula, Halmahera Timur, dan Kota Tidore Kepulauan. Dengan demikian, Maluku Utara terdiri dari enam kabupaten dan dua kota.

Pada bulan yang sama, Drs. Kahar Taslim ditunjuk sebagai Penjabat Bupati Halmahera Timur sehingga jabatan Kepala BAPPEDA dilanjutkan oleh Wakil Kepala BAPPEDA.

2003–2006

BAPPEDA dipimpin oleh Ir. Hartoyo Kaliman dengan Wakil Kepala Dr. Muhajir Maarsaoli, M.Si.

Pada masa ini BAPPEDA mulai memantapkan dokumen perencanaan melalui penyusunan Pola Dasar Pembangunan Daerah. Setelah terbit Undang-Undang Nomor 25 Tahun 2004, dokumen tersebut digantikan dengan RPJMD sehingga disusun RPJMD 2005–2007. Periode ini juga menjadi awal pelaksanaan Musrenbang Provinsi Maluku Utara.

Selain itu, BAPPEDA menginisiasi:

• Terbitnya Inpres Nomor 6 Tahun 2003 tentang Penanganan Pascakonflik.
• Kerja sama penanganan pascakonflik dengan UNDP.
• Penyusunan Rencana Tata Ruang Wilayah.
• Perencanaan dan pembangunan Kota Sofifi.
• Pendataan Pulau Morotai sebagai kawasan perbatasan.

Pada periode ini juga lahir Perda Nomor 1 Tahun 2003 tentang RTRW Provinsi Maluku Utara dan Perda Nomor 2 tentang RTRW Ibu Kota Sofifi.

2007–2010

BAPPEDA dipimpin oleh Dr. Muhajir Maarsaoli, M.Si.

Fokus utama periode ini adalah penyusunan RPJPD Provinsi Maluku Utara 2005–2025 beserta dokumen pendukung lainnya. Program pembangunan tetap melanjutkan penanganan pascakonflik, penyusunan RTRW, pembangunan Kota Sofifi, pengembangan kawasan perbatasan Pulau Morotai, serta pembangunan sektoral.

Pada tahun 2008 Kabupaten Pulau Morotai resmi dimekarkan sehingga Maluku Utara memiliki tujuh kabupaten dan dua kota.

2010–2011

BAPPEDA dipimpin oleh Ir. H. Amran Mustari, MMT.

Pada masa ini Presiden RI Susilo Bambang Yudhoyono mencanangkan pemindahan aktivitas pemerintahan dari Ternate ke Sofifi. BAPPEDA mulai memindahkan personel, aset, serta dokumen ke Kantor Gubernur Maluku Utara di Sofifi, sekaligus mengawal pelaksanaan RKPD Tahun 2010.

2011–2014

BAPPEDA dipimpin oleh Vaya Amelia Armain, SE., M.Si.

Pada periode ini BAPPEDA mengoordinasikan penyusunan RPJMD 2009–2013 dan menyelesaikan penetapan RTRW Provinsi Maluku Utara 2013–2033 melalui Peraturan Daerah Nomor 2 Tahun 2013.

Prioritas pembangunan diarahkan pada pengembangan SDM, infrastruktur, dan ekonomi daerah.

Tahun 2013 Kabupaten Pulau Taliabu dimekarkan dari Kabupaten Kepulauan Sula sehingga Provinsi Maluku Utara memiliki delapan kabupaten dan dua kota.

2014–2020

BAPPEDA dipimpin oleh Drs. H. Syamsuddin Banyo, M.Si.

Periode ini merupakan masa kepemimpinan Gubernur Abdul Gani Kasuba dengan visi CINTA. BAPPEDA menyusun RPJMD 2014–2019 yang menjabarkan visi Maluku Utara Cerdas, Indah, Nikmat, Tertib, dan Aman.

Terjadi perubahan organisasi dan nomenklatur bidang menjadi:

• Bidang Infrastruktur dan Pengembangan Wilayah
• Bidang Sosial Budaya dan Pemerintahan
• Bidang Ekonomi
• Bidang Pengendalian, Evaluasi, dan Pelaporan

Selanjutnya disusun RPJMD 2020–2024 dengan visi Maluku Utara Sejahtera.

2020–2023

BAPPEDA dipimpin oleh Salmin Janidi, S.H., M.Hum.

Tahun 2020 merupakan masa pandemi Covid-19 sehingga arah pembangunan disesuaikan dengan kondisi darurat. RPJMD 2020–2024 mengalami perubahan sebagai bentuk penyesuaian terhadap dampak pandemi.

Pada periode ini juga dilakukan perubahan organisasi, di mana Sub Bidang bertransformasi menjadi Kelompok Jabatan Fungsional.

2023–Sekarang

BAPPEDA dipimpin oleh Dr. Muhammad S. Sarmin Adam, S.STP., M.Si.

Pada periode ini disusun Rencana Pembangunan Daerah (RPD) 2025–2026 serta Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah (RPJPD) 2025–2045 dalam rangka menyongsong Indonesia Emas.

Selain itu dilakukan penguatan SDM, pengembangan jabatan fungsional, penguatan Sistem Pemerintahan Berbasis Elektronik (SPBE), penguatan basis data, optimalisasi sistem informasi, serta perluasan kerja sama untuk mendukung transformasi pembangunan daerah.